La circolazione prolungata di SARS-Cov-2 e il meccanismo naturale di accumulo di errori durante la replicazione virale hanno generato la comparsa di varianti virali. Dall'inizio della pandemia sono state identificate migliaia di varianti di SARS-CoV-2 in tutto il mondo, tanto che l'OMS ha distinto tra le varianti virali "of interest" o "under investigation", e le "variants of concern", delle quali è stata osservata una maggiore pericolosità in termini di trasmissibilità, letalità o capacità di eludere la risposta immunitaria conferita dai vaccini o da una precedente infezione.
Lo scopo del nostro progetto è quello di caratterizzare dal punto di vista virologico, clinico e radiologico una popolazione di pazienti infetti da una delle nuove varianti virali emerse, confrontandola con una popolazione di pazienti ricoverati presso il Policlinico Universitario Umberto I di Roma tra marzo e aprile dello scorso anno, che albergavano invece un virus che possiamo definire wild type. Nello specifico, verranno analizzate le sequenze virali tramite NGS, il numero di Cycle Threshold (Ct) risultati dall¿analisi molecolare dei tamponi nasofaringei alla diagnosi di positività, alcuni parametri ematochimici (WBC, neutrofili, linfociti, NLR), alcuni marcatori dell¿infiammazione (LDH, D-dimero, IL6, ferritina), le radiografie polmonari e l'outcome clinico dei pazienti in esame. Questa analisi ci permetterà non solo di monitorare la diffusione di questi nuovi lineage nel nostro nosocomio, ma potrà anche fornire importanti informazioni circa la gestione del paziente qualora emergessero relazioni tra le caratteristiche cliniche o radiologiche e la presenza di particolari polimorfismi virali. La conoscenza della circolazione delle varianti virali di SARS-Cov-2 e lo studio dei pazienti che le albergano possono inoltre costituire elementi fondamentali per la valutazione del rischio e per il rafforzamento delle misure di prevenzione, protezione e controllo.
Come noto, secondo l'OMS le varianti di SARS-CoV2 possono essere distinte in "variant of interest" e "variants of concern", delle quali è stata osservata la maggiore pericolosità in termini di trasmissibilità/letalità o la capacità di eludere la risposta immunitaria conferita dai vaccini o da una precedente infezione con un altro ceppo. La variante Alpha, ad esempio, si è diffusa a partire dalla fine dell'estate 2020 dalla Gran Bretagna, ed appare caratterizzata da una maggiore trasmissibilità e da una maggiore letalità rispetto al ceppo originario (12). Inoltre, studi eseguiti in modelli animali hanno rivelato l'elevata patogenicità di alcune varianti (13), suggerendo quindi l'importanza clinica che queste potrebbero avere. La recente comparsa di queste varianti nel nostro paese non ha ancora permesso di studiare al meglio quelle che sono le caratteristiche cliniche delle infezioni dovute a questi "nuovi virus".
Studiare sotto diversi aspetti, quale quello radiologico, clinico e virologico, i pazienti che albergano questi nuovi lineage è di fondamentale importanza in quanto una analisi di questo tipo potrebbe portare alla acquisizione di nuove informazioni fondamentali per ipotizzare meccanismi responsabili della loro potenziale patogenicità. Questo obiettivo di cruciale importanza può essere raggiunto grazie alla collaborazione di più figure professionali, quali radiologi infettivologi, patologi e virologi, coinvolti nel presente progetto, che permetteranno una accurata valutazione ed interpretazione di diversi parametri. Inoltre la comparazione con una popolazione di soggetti infetti durante la prima ondata permetterà di chiarire quali aspetti sono cambiati in relazione alla evoluzione del virus. L'analisi di sequenza eseguita mediante NGS, ci permetterà da una parte di monitorare la diffusione di questi nuovi lineage nel nostro nosocomio e dall'altra di mettere in relazione eventuali caratteristiche cliniche/ radiologiche con la presenza delle mutazioni rilevate.
La conoscenza della circolazione delle varianti virali e lo studio dei pazienti che le albergano costituiscono elementi fondamentali per la valutazione del rischio e per il rafforzamento delle misure di prevenzione, protezione e controllo nonché della gestione del paziente.
12. Volz E, et al; Report 42 - Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: insights from linking epidemiological and genetic data. Imperial College London Report 42, 2020. https://bit.ly/3pFVVBb
13. Yadav PD et al.; SARS CoV-2 variant B.1.617.1 is highly pathogenic in hamsters than B.1 variant. bioRxiv, 2021.2005.2005.442760 (2021)