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La Droplet Digital PCR (ddPCR) è un metodo per eseguire la PCR basato sulla tecnologia delle gocce di emulsione acqua-olio. Il campione viene frazionato in 20.000 goccioline e l'amplificazione delle molecole target avviene in ogni singola gocciolina. La tecnologia ddPCR consiste in una PCR ad alta produttività che utilizza volumi di campioni e reagenti inferiori e riduce i costi complessivi rispetto ad altri metodi, pur mantenendo la sensibilità e la precisione che sono le caratteristiche della PCR digitale.
I vantaggi della tecnologia ddPCR includono:
• Quantificazione assoluta: la tecnologia ddPCR fornisce un conteggio assoluto delle copie del DNA target per campione senza la necessità di eseguire curve standard, rendendo questa tecnica ideale per le misurazioni del DNA target, l'analisi della carica virale e la quantificazione microbica.
• Precisione senza precedenti: la ripartizione del campione in gocce consente la misurazione affidabile di piccole differenze nel numero di copie della sequenza del DNA target tra i campioni.
• Aumento del rapporto segnale-rumore, consentendo il rilevamento sensibile di target rari e consentendo una precisione di ±10% nella quantificazione.
• I tassi di errore vengono ridotti rimuovendo la dipendenza dall'efficienza di amplificazione della qPCR, consentendo il rilevamento di piccole differenze (1,2 volte).
• Quantificazione semplificata: per la quantificazione assoluta non sono richiesti né standard di calibrazione né un riferimento (il metodo ΔΔCq).
• Costi ridotti dei materiali di consumo: i volumi di reazione sono compresi tra pico e nanolitri, riducendo l'uso di reagenti e la quantità di campione richiesta.
• Costi delle apparecchiature inferiori: il sistema di reazione basato su emulsione significa che le reazioni PCR possono essere eseguite in un termociclatore standard senza chip complessi o microfluidica.
• Partizionamento superiore: la tecnologia ddPCR produce 20.000 goccioline per 20 µl di campione, quasi due milioni di reazioni PCR partizionate in una piastra da 96 pozzetti, mentre i sistemi PCR digitali basati su chip producono solo centinaia o migliaia di partizioni. Il maggior numero di partizioni produce una maggiore precisione.