Nanostring GEOMX Digital Spatial Profiler
Caratteristiche principali
✓ Tecnologia basata su identificazione di regioni di interesse tramite l’impiego di 4 biomarker immunofluorescenti proteici o RNA e successiva conta digitale delle molecole di interesse tramite ibridazione di sonde molecolari multiplex marcate con barcode fluorescenti.
✓ Possibilità di testare fino ad un massimo di 96 marcatori proteici o 1000 RNA contemporaneamente da singola slide FFPE
✓ Rilevazione diretta e successiva quantificazione delle molecole di interesse da slide FFPE senza distruzione del campione di partenza e necessità di estrazione delle molecole target.
✓ Possibilità di riutilizzo del tessuto FFPE per altre applicazioni dopo l’analisi di profiling digitale
✓ Range dinamico di quantificazione di 5.5 log
✓ Possibilità di multiplexare su singola sezione FFPE analiti diversi.
✓ Tecnologia in grado di selezionare regioni di interesse da 600 micron a singola cellula
✓ Utilizzo di anticorpi monoclonali o sonde molecolari coniugati a tag oligonucleotidici tramite link fotoclivabile.
✓ Possibilità do processazione fino a 20 sezioni al giorno
Principio della metodica
GeoMx ™ Digital Spatial Profiler di NanoString combina le tecniche di immunofluorescenza standard con la tecnologia di quantificazione digitale Nanostring per eseguire esperimenti di profilazione ad elevato multiplex e contestualizzando spazialmente nel tessuto l'espressione delle molecole di interesse. In una singola reazione, la tecnologia DSP esegue l'intera scansione di immaging del vetrino con un massimo di quattro marcatori fluorescenti per catturare la morfologia del tessuto e selezionare le regioni di interesse per l'analisi dei profili quantitativi di RNA o proteine di interesse. La chimica DSP consente la profilazione spaziale con alto livello di multiplex di proteine e RNA partendo da una singola sezione FFPE su vetrino per tipologia molecolare di interesse.
L'analisi si basa su anticorpi o sonde di RNA accoppiate a tag di oligonucleotidi fotococlivabili. Dopo l'ibridizzazione delle sonde o degli anticorpi alle sezioni di tessuto FFPE, i tag oligonucleotidici vengono rilasciati dalle regioni di interesse preventivamente selezionate dall'operatore sulla base della distribuzione dei marcatori fluorescenti attraverso l'esposizione ai raggi UV. I tag rilasciati sono successivamente quantificati su piattfaorma nCounter e le molecole di interesse vengono mappate alla nella loro posizione specifica su tessuto, producendo un profilo digitale spazialmente risolto dell'abbondanza degli analiti di interesse.
nCounter Sprint Profiler
Descrizione/Nome commerciale: nCounter Sprint Profiler Codice: NCT-SPRINT-1Y
Caratteristiche principali
✓ Analisi da 20 a 800 geni per singola reazione;
✓ No PCR o amplificazione del segnale;
✓ Metodica basata su ibridazione e conta diretta delle molecole target;
✓ Elevato grado di automazione: 10 minuti di totale hands on time;
✓ Possibilità di analizzare RNA-DNA-Proteine in un singolo tubo: 3D biology;
✓ Flessibilità applicativa: mRNA, miRNA, miRGE, CNV, single cell, Chip string, fusion genes, mRNA:Protein;
✓ Flessibilità nella tipologia di campioni;
✓ Elevate performance anche su lisati.
La piattaforma strumentale e le sue potenzialità:
Piattaforma in grado di effettuare lo studio di 800 target, in contemporanea per campione, per analisi di espressione genica (mRNA e miRNA), Copy Number Variation (DNA) in modo completamente automatico e senza la necessità di amplificazione del segnale o l’esecuzione di uno step di PCR. Questo permette di evitare gli inconvenienti normalmente derivanti dall’uso di sistemi enzimatici, come l’introduzione di bias e quindi la creazione di errori nelle sequenze di interesse. NanoString rappresenta una delle metodiche più robuste attualmente sul mercato e permette di lavorare su materiale estratto anche da campioni altamente degradati come tessuto fissato in formalina ed incluso in paraffina (FFPE). Il sistema NanoString Sprint Profiler si compone di un’unica parte strumentale:
Lo strumento nCounter SPRINT Profiler opera in due fasi distinte. La prima fase utilizza un sistema di microfluidica multicanale per la purificazione dei complessi target-sonde, mentre elimina le sonde non legate. Questi complessi vengono poi immobilizzati e allineati su di una superficie della
cartuccia che viene poi scansionata nella seconda fase di microscopia digitale. Le immagini risultanti vengono poi automaticamente interpretate per fornire all’utilizzatore le conte per ogni reporter barcode. Le due fasi avvengono all’interno dello stesso strumento.