molecular dynamics

The targeted pesticides as acetylcholinesterase inhibitors: comprehensive cross-organism molecular modelling studies performed to anticipate the pharmacology of harmfulness to humans in vitro

Commercially available pesticides were examined as Mus musculus and Homo sapiens acetylcholinesterase (mAChE and hAChE) inhibitors by means of ligand-based (LB) and structure-based (SB) in silico approaches. Initially, the crystal structures of simazine, monocrotophos, dimethoate, and acetamiprid were reproduced using various force fields. Subsequently, LB alignment rules were assessed and applied to determine the inter synaptic conformations of atrazine, propazine, carbofuran, carbaryl, tebufenozide, imidacloprid, diuron, monuron, and linuron.

Computer cluster Sixdot

Italiano

La piattaforma dispone di 4 nodi di calcolo, con la seguente configurazione:

N. 2 Intel SKL-SP 4116 12C 2.1GHz 
N. 4 16GB DDR4
N. 2 NVIDIA Geforce GTX 1080Ti
Il cluster è accessibile dal nodo di front-end attraverso il protocollo ssh.

I calcoli sono gestiti con un sistema di code basato su Torque/Maui che ottimizza al meglio le risorse disponibili.

Per maggiori dettagli, è disponibile per gli utenti del cluster una guida all’utilizzo delle risorse.

Software 
I pacchetti di sviluppo sono:

© Università degli Studi di Roma "La Sapienza" - Piazzale Aldo Moro 5, 00185 Roma