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Klebsiella pneumoniae e Acinetobacter baumanni sono tra le specie batteriche maggiormente diffuse nell'ospedale e la presenza di ceppi endemici rende difficile il tracciamento e la distinzione tra eventi epidemici e sporadici. Lo sviluppo di metodi genomici che dalla ricerca arrivino "a letto del paziente" ha potenziali ricadute sul controllo degli episodi epidemici e sull'orientamento delle scelte terapeutiche mediante identificazione certa dei meccanismi di resistenza e quindi uso dei farmaci più adatti alla cura delle infezioni.
Questo progetto si propone di sperimentare un modello di implementazione della sorveglianza microbiologica del Laboratorio di Microbiologia Clinica del Policlinico Umberto I con l'analisi genomica in tempo reale degli isolati grazie all'utilizzazione di sequenziatori portatili e tecnologie a basso costo disponibili nel laboratorio dell'unità proponente.
Il confronto genomico tra ceppi sensibili e resistenti isolati da uno stesso paziente sotto trattamento antibiotico, permette di identificare in K. pneumoniae e A. baumanni in tempo reale, i meccanismi di resistenza e ridotta suscettibilità agli antibiotici ed inibitori di nuova generazione .