Sviluppo di un protocollo per l'analisi della distribuzione delle mutazioni più frequenti del virus SARS-CoV-2 e sulla modalità di interazione tra la proteina Spike e anticorpi monoclonali neutralizzanti.

Anno
2021
Proponente Stefano Pascarella - Professore Ordinario
Sottosettore ERC del proponente del progetto
LS2_13
Componenti gruppo di ricerca
Componente Categoria
Martina Bianchi Dottorando/Assegnista/Specializzando componente non strutturato del gruppo di ricerca
Abstract

Il coronavirus della SARS-2 rappresenta indubbiamente una minaccia per la salute umana e un elemento di disgregazione sociale ma nello stesso tempo anche l'opportunità per comprendere le dinamiche evolutive e le caratteristiche di un virus nuovo. Grazie al rapido accumulo di dati di sequenza e di struttura si prospetta l'opportunità di acquisire nuove conoscenze indispensabili per mettere a punto strategie terapeutiche o preventive in grado di contenere questa pandemia ma ancora di più di fronteggiare le, purtroppo probabili, pandemie future. Tutti i virus devono adattarsi continuativamente alle caratteristiche mutevoli dell'ambiente in cui si vengono a trovare, per questo motivo evolvono in modo costante attraverso mutazioni del loro genoma. La maggior parte delle mutazioni del virus SARS-CoV-2 non ha avuto un impatto significativo, ma alcune di queste sembrano invece conferire al virus stesso una maggiore trasmissibilità e patogenicità con forme più severe di malattia che potrebbero anche sfuggire alla risposta immunitaria. In questo progetto, come prima linea di ricerca, proponiamo un'analisi completa sulla distribuzione delle mutazioni più frequenti riscontrate all'interno dell'intero proteoma delle varianti del virus SARS-CoV-2 attraverso l'utilizzo di una pipeline di programmi opportunatamente preparati e come seconda linea di ricerca invece, proponiamo un'analisi dettagliata in grado di recuperare dalla PDB tutte le strutture di complessi tra la proteina Spike di SARS-CoV-2 e anticorpi monoclonali le quali verranno filtrate per identificare regioni di interazioni tra la proteina Spike e i diversi tipi di anticorpi. I risultati ottenuti possono contribuire a progettare anticorpi efficaci anche e soprattutto sulla base della comparsa delle diverse varianti di Spike.

ERC
LS2_12, LS6_5, LS2_13
Keywords:
BIOINFORMATICA, VIROLOGIA, GENOMICA, BIOLOGIA STRUTTURALE E CRISTALLOGRAFIA, PROTEOMICA

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