Ricerc@Sapienza

Il progetto riguarda lo studio delle proprietà elettroniche e strutturali di molecole di interesse biologico, in particolare le basi azotate, gli acidi nucleici ed i complessi proteina-DNA/RNA in soluzione.
L'approccio è di tipo teorico-computazionale e l'obiettivo è quello di ottenere da princìpi primi le proprietà elettroniche e strutturali di queste molecole in soluzione e/o in ambiente fisiologico. Verranno utilizzati metodi ab-initio, metodi classici, come dinamica molecolare (MD) ed algoritmi di campionamento avanzati e metodi ibridi (quantum mechanics/molecular mechanics, QM/MM). Fra questi ultimi in particolare il Metodo della Matrice Perturbata [1,2,3].
Si vogliono quindi indagare le proprietà elettroniche e strutturali di sistemi di interesse chimico e biochimico attraverso metodi teorico-computazionali robusti fondati su basi meccanico-statistiche che permettono di approcciare allo studio del sistema nella sua complessità ma che allo stesso tempo consentono di fornirne una modellizzazione accurata.

[1] Massimiliano Aschi, Riccardo Spezia, Alfredo Di Nola, and Andrea Amadei. A first-principles method to model perturbed electronic wavefunctions: the effect of an external homogeneous electric field. Chemical physics letters, 344(3-4):374-380, 2001.
[2] Riccardo Spezia, Massimiliano Aschi, Alfredo Di Nola, and Andrea Amadei. Extension of the perturbed matrix method: application to a water molecule. Chemical physics letters, 365(5-6):450-456, 2002.
[3] Laura Zanetti-Polzi, Sara Del Galdo, Isabella Daidone, Marco D'Abramo, Vincenzo Barone, Massimiliano Aschi, and Andrea Amadei. Extending the perturbed matrix method beyond thedipolar approximation: comparison of different levels of theory. Physical Chemistry Chemical Physics, 20(37):24369-24378, 2018.