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Federico Batini si occupa di ricerca empirica descrittiva, esplorativa, sperimentale, comparativa, teorico-metodologica. Le aree di ricerca intersecano profondamente i sistemi educativi e di istruzione per tutte le fasce di età prediligendo l'azione trasformativa mediante formazione e accompagnamento all'inserimento di metodi (lettura ad alta voce, orientamento, prima didattica per competenze) finalizzate all'equità del sistema. Obiettivo della ricerca è allora la verifica degli effetti di queste modificazioni didattico-valutative con disegni ecologici quasi sperimentali. Le aree di lavoro di questi ultimi quindici anni riguardano la lettura e l'educazione alla lettura, la lettura ad alta voce da parte degli insegnanti con un approfondito lavoro di ricerca longitudinale sugli effetti che produce, l'orientamento narrativo e i suoi effetti, il costrutto e le forme assunte dalla dispersione scolastica (con attenzione particolare alla predittività), il contrasto di ogni tipo di bullismo, le identità sessuali e le forme e i modi per relazionarvisi. Nei dominii della lettura ad alta voce e dell'orientamento ha sviluppato due metodi (lettura ad alta voce condivisa e orientamento narrativo) dotati di un corpus di evidenze notevole.
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