Analisi della variabilità genetica di regioni paraloghe X-Y ad alta omologia.
La regione maschio-specifica del cromosoma Y umano (MSY) include una classe di sequenze, nota come X-trasposta (XTR), originatasi in tempi evolutivi relativamente recenti (~4,7 milioni di anni fa). Tale regione si estende per circa 3,4 Mb, ed esibisce un'elevata (>99%) identità di sequenza con la banda Xq21 del cromosoma X. Data l'elevata omologia di sequenza X-Y, tale regione può essere interessata da un particolare evento di ricombinazione, noto come conversione genica, che consiste nello scambio non reciproco di informazione genetica da una sequenza "donatrice" ad una "accettrice", ed il cui principale effetto è quello di diminuire la divergenza tra le regioni coinvolte. Lo scopo di questo progetto è quello di esplorare la dinamica della possibile conversione genica inter-cromosomica in queste paraloghe, tenendo presente le complicazioni relative al mappaggio non univoco delle reads di sequenziamento in corrispondenza di regioni genomiche dotate di elevata omologia. A tal proposito partiremo dall'analisi di sequenze rese disponibili pubblicamente dal Simons Genome Diversity Project (SGDP), ottenute mediante deep-sequencing di genomi completi ad alta coverage. L'elevata depth di sequenziamento (43X) ci permetterà di eseguire una dettagliata analisi bioinformatica sulla sequenza di 10 campioni del SGDP, disponibili in commercio, il cui DNA è stato già acquisito anche nel nostro laboratorio, che ci consentirà di estrarre tutte le varianti putative contenute nella porzione X-Y in esame. Le posizioni estratte saranno sottoposte ad un'analisi comparativa nei 10 campioni esaminati, al fine di identificare gli eventi di conversione genica, mentre le varianti di sequenze paraloghe (PSV, differenze tra X e Y) saranno sottoposte a validazione sperimentale mediante PCR cromosoma-specifica e sequenziamento di tipo Sanger, al fine di determinare la loro fase sui cromosomi sessuali, e risalire alla direzionalità dell'evento di conversione.