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Il principio del benessere animale è contenuto nelll'articolo 13 del Trattato sul Funzionamento dell'Unione Europea. Esso sembra porsi in una linea gerarchica sovraordinata rispetto ad altre politiche europee, tra cui la materia di ricerca e di sviluppo e le conseguenti norme di diritto derivato. Tale principio è un valore fondante della direttiva 22 settembre 2010, n. 63 sulla protezione degli animali utilizzati a fini scientifici, il cui obiettivo finale è l'abolizione completa dei metodi di sperimentazione animale, introducendo metodi alternativi di ricerca. Secondo la direttiva citata il rigido rispetto della gerarchia dell'obbligo di ricorrere a metodi alternativi, nell'applicare i principi delle 3 R (sostituzione, riduzione, perfezionamento) comporta che, poiché l'unico principio che consente una definitiva introduzione dei metodi alternativi è il principio della sostituzione totale, esso è divenuto gerarchicamente sovraordinato rispetto ai principi di riduzione e del perfezionamento.