Sequenziamento di lunghe molecole di DNA/RNA per lo studio di organismi modello e non modello
Componente | Categoria |
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Gianni Prosseda | Componenti il gruppo di ricerca |
Bianca Colonna | Componenti il gruppo di ricerca |
Monica Ballarino | Componenti il gruppo di ricerca |
Beniamino Trombetta | Componenti il gruppo di ricerca |
Fulvio Cruciani | Componenti il gruppo di ricerca |
Irene Bozzoni | Componenti il gruppo di ricerca |
Alessio De Biase | Componenti il gruppo di ricerca |
Marco Tripodi | Componenti il gruppo di ricerca |
Valerio Licursi | Componenti il gruppo di ricerca |
Marco Oliverio | Componenti il gruppo di ricerca |
La tecnologia per il sequenziomento di DNA, RNA e proteine è in rapida evoluzione. I sequenziatori di seconda generazione, come i sistemi Illumina, pur rappresentando ancora oggi la maggior parte dei sistemi di sequenziamento, producono ancora sequenze di lunghezza limitata alle ~100 bp, rendendo l'assemblaggio di genomi e trascrittomi molto impegnativo. Al contrario, la terza generazione di piattaforme di sequenziamento adotta una tecnologia in grado di sequenziare singole molecole, anche molto lunghe. La tecnologia sviluppata dalla Oxford Nanopore Technologies analizza singole molecole di DNA senza necessità di amplificazione in vitro via PCR, ed è in grado di generare sequenze più lunghe rispetto alle tecnologie di seconda generazione a discapito di un tasso di errore più elevato ma nel tempo sempre più trascurabile, benché ancora superiore a quello delle tecnologie di seconda generazione.
Obiettivo del progetto è l'acquisizione di una piattaforma di lavoro di nuovissima generazione per il sequenziamento di lunghe molecole di DNA, RNA e proteine basata sulla tecnologia a nanopori della Oxford Nanopore Technologies. Questi sistemi si sono dimostrati efficienti e convenienti per moltissime applicazioni anche nell'ambito della genomica umana, dello studio della metilazione dei trascritti, del microbiota associato a varie matrici biologiche, del DNA barcoding, della filogenomica e di progetti didattici.
Al momento non risultano disponibili in Ateneo strumentazioni con questo tipo di tecnologia e i molti progetti attualmente in corso nei laboratori dei proponenti potrebbero giovare dell'opportunità di ottenere dati del tipo descritto, anche in tempi estremamente ragionevoli. La piattaforma di lavoro basata sul sequenziatore MinION, portabile e scalabile, sarà situata presso il Dipartimento di Biologia e Biotecnologie Charles Darwin dell'Ateneo, dove diversi ricercatori (tra cui il proponente) hanno le competenze scientifiche e tecniche per impostare lo strumento.